Pocketformaat USB-DNA-lezer
Ik beweer geen wetenschapsexpert te zijn, maar vond dit artikel erg interessant over een DNA-lezer die net iets groter is dan een USB-stick. Illumina-technologie is al jarenlang toonaangevend op het gebied van genoomsequencing. Hun uitrusting is goed en van wat ik begrijp is hun uitrusting duur. De MinION (van Oxford Nanopore) is een goedkoop alternatief met enkele grote voordelen. De DNA-sequencer is iets meer dan $ 1.000 op het moment van deze post. Traditioneel kon een DNA-sequencer slechts ongeveer 200 basis lezen. Een “basis” is een nucleobasis die een verzameling biologische verbindingen is die de basisbouwstenen vormen van nucleïnezuur … of DNA.
De MinION is indrukwekkend met de mogelijkheid om 900.000 basis te lezen. Wordt ook wel ‘long reads’ genoemd. Met de lange reads krijgt u een beter beeld van de bestanddelen waaruit het DNA bestaat. Hoewel de langere aflezingen niet zo nauwkeurig zijn als korte aflezingen, is de afweging niet slecht. De hoeveelheid tijd en moeite om lang te lezen uit een verzameling korte leesbewerkingen is aanzienlijk. De minder nauwkeurige lange leest van MinION en niet zo ver van de basis, dus een beetje een doorbraak.
Het is gewoon verbazingwekkend dat het menselijke genoom 15 jaar geleden een wereldwijde inspanning was, maar vandaag kan het worden gedaan in een apparaat dat niet groter is dan een flashdrive.
Labels:DNA, genoomsequencing, USB